سید على حسینی خامنه‌اى فرزند مرحوم حجت‌الاسلام‌والمسلمین حاج سید جواد حسینى خامنه‌اى، در فروردین‌ماه سال 1318 شمسی برابر با 1358 قمرى در مشهد مقدس چشم به دنیا گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگى مرحوم سید جواد خامنه‌اى هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینى، بسیار ساده: «پدرم روحانى معروفى بود، اما خیلى پارسا و گوشه‌گیر [...] زندگى ما به‌سختى مى‌گذشت. من یادم هست شب‌هایى اتفاق مى‌افتاد که در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت براى ما شام تهیه مى‌کرد. [...] آن شام هم نان و کشمش بود.»
خانه‌اى که خانواده‌ی سید جواد در آن زندگى مى‌کردند در یکی از محله‌های فقیرنشین مشهد بود: «منزل پدرى من که در آن متولد شده‌ام، تا چهار پنج سالگى من، یک خانه‌ی 60 ـ 70 مترى در محله‌ی فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیرزمین تاریک و خفه‌اى! هنگامى که براى پدرم میهمان مى‌آمد -و معمولاً پدر بنا بر این که روحانى و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت- همه‌ی ما باید به زیرزمین مى‌رفتیم تا مهمان برود. بعد عده‌اى که به پدر ارادتى داشتند، زمین کوچکى را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما داراى سه اتاق شدیم.»
رهبر انقلاب از دوران کودکى در خانواده‌اى فقیر اما روحانى پرورش یافتند و
منبع: http://farsi.khamenei.ir
سید على حسینی خامنه‌اى فرزند مرحوم حجت‌الاسلام‌والمسلمین حاج سید جواد حسینى خامنه‌اى، در فروردین‌ماه سال 1318 شمسی برابر با 1358 قمرى در مشهد مقدس چشم به دنیا گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگى مرحوم سید جواد خامنه‌اى هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینى، بسیار ساده: «پدرم روحانى معروفى بود، اما خیلى پارسا و گوشه‌گیر [...] زندگى ما به‌سختى مى‌گذشت. من یادم هست شب‌هایى اتفاق مى‌افتاد که در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت براى ما شام تهیه مى‌کرد. [...] آن شام هم نان و کشمش بود.»
خانه‌اى که خانواده‌ی سید جواد در آن زندگى مى‌کردند در یکی از محله‌های فقیرنشین مشهد بود: «منزل پدرى من که در آن متولد شده‌ام، تا چهار پنج سالگى من، یک خانه‌ی 60 ـ 70 مترى در محله‌ی فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیرزمین تاریک و خفه‌اى! هنگامى که براى پدرم میهمان مى‌آمد -و معمولاً پدر بنا بر این که روحانى و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت- همه‌ی ما باید به زیرزمین مى‌رفتیم تا مهمان برود. بعد عده‌اى که به پدر ارادتى داشتند، زمین کوچکى را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما داراى سه اتاق شدیم.»
رهبر انقلاب از دوران کودکى در خانواده‌اى فقیر اما روحانى پرورش یافتند و از چهار سالگى به همراه برادر بزرگشان سید محمد برای یادگیری الفبا و قرآن مجید، به مکتب‌خانه رفتند و پس از آن در مدرسه‌ی تازه‌تأسیس اسلامى «دارالتعلیم دیانتى» ثبت نام کردند و دوران تحصیل ابتدایى را در آن مدرسه گذراندند.
الف. زندگی علمی - طلبگی 
1330 سیدعلی از دوازده سالگی و با رفتن به مدرسه‌ی علمیه‌ی سلیمان‌خان و سپس نواب مشهد، پس از آموختن مقدمات علوم حوزوی، فراگیری دروس سطح همچون معالم، قوانین، شرح لمعه، رسائل، مکاسب و کفایه را از اساتیدی همچون حضرات آیات میرزا احمد مدرس یزدی، حاج شیخ هاشم قزوینی و سید جلیل حسینی سیستانی ادامه داد. اما آن استادی که سیدعلی نوجوان از او استفاده‌های فراوانی در دروس سطح برد، کسی جز پدرش نبود؛ یعنی مرحوم آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای که از آیات عظامی همچون نائینی و آقا سید ابوالحسن اصفهانی اجازه‌ی اجتهاد داشت.
1334 شانزده سالگی سنی بود که آقاسیدعلی حضور در درس خارج فقه آیتاللهالعظمی سید محمدهادی میلانی را آغاز کرد. ایشان همزمان در جلسات مرحوم حاج میرزاجوادآقا تهرانی نیز شرکت می‌کرد. مباحث این جلسات بیشتر به نقد و رد کتاب فلسفه‌ی منظومه‌ی ملاهادی سبزواری می‌گذشت. علاوه بر این و به دلیل علاقه‌ی آقاسیدعلی به فلسفه و به سبب جوّ ضد فلسفه‌ی آن روزهای مشهد، او ناگزیر بود که در درس مرحوم آقا شیخ رضا ایسی- از اساتید فلسفه‌ی مورد وثوق حضرت آیت‌الله میلانی- به صورت پنهانی و خصوصی شرکت کند.
1336 هجدهمین سال زندگیِ آقاسیدعلی مقارن شد با عزم او برای حضور در نجف اشرف به قصد زیارت حرم امیرالمؤمنین
علیه‌السلام و درک کردن محضر و دروس بزرگان نجف. سیدعلی پس از حضوری کوتاه در این حوزه، درس اساتیدی همچون آیت‌الله العظمی سید محسن حکیم را بیشتر پسندید و تصمیم گرفت که اگر پدرشان اجازه داد، در نجف بماند و به درس آن اساتید برود. به پدر نامه نوشت و از او برای ماندن و ادامه‌ی تحصیل در نجف اجازه خواست. پاسخ منفی شنید و لذا به امر پدر به مشهد بازگشت.
پس از برگشتن به مشهد و ادامه‌ی ارتباط با طلابی که از قم برای زیارت حضرت علی بن موسی‌الرضا
علیه‌السلام می‌آمدند، سید جوان مصمم شد برای رفتن به حوزه‌ی قم. در آن هنگام هدایت حوزه‌ی قم را آیتاللهالعظمی بروجردی زعامت می‌کرد و این حوزه به سوی شکوفایی و مرکزیت علمی می‌رفت. پدر آقاسیدعلی اما که راهنما و مشاور اصلی او بود، با ترک مشهد موافقت نکرد و این مخالفت ادامه یافت تا یک سال بعد.
1337 با شروع سال تحصیلی جدید حوزه، آقا سیدجواد خامنه‌ای رضایت داد که فرزند فاضلش به قم هجرت کند. آقاسیدعلی به قم رفت و در مدرسه‌ی علمیه‌ی حجتیه مستقر شد. برادر بزرگترش سیدمحمد هم در آن‌جا طلبه بود. بانی ساخت این مدرسه‌ی علمیه -که از دیگر مدارس آن زمانِ قم تازه‌سازتر بود- آیتاللهالعظمی حجت کوه‌کمره‌ای بود و طرح معماری آن را علامه سید محمدحسین طباطبایی داده بود.
آقاسیدعلی که به‌زودی در بین هم‌مباحثه‌هایش به کثرت مطالعه و اشتغال درسی شهره شد. از آغاز ورودش به قم در درس خارج فقه حضرت آیت‌الله العظمی بروجردی شرکت کرد. از همان ابتدا در دروس حاج‌آقا روح‌الله هم (حضرت امام خمینی
رضوان‌الله‌علیه) نیز حضور یافت. از برکات حضور در این درس آقای بروجردی، نکات مهم رجالی بود که استاد در آن بسیار متبحّر بود. تقریرات درس خارج فقه و اصول مرحوم امام و مرحوم آیتاللهالعظمی بروجردی هنوز نزد آیت‌الله خامنه‌ای باقی است؛ هرچند که ساواک بسیاری از آنها را در دوران مبارزه از بین برد.
1340 در فروردین این سال حضرت آیتاللهالعظمی بروجردی به لقاء حضرت حق شتافت و مرجعیت امام خمینی
رضوان‌الله‌علیه مطرح شد. سخنرانی‌های انتقادی امام و اعتراض‌های تند ایشان علیه اقدامات رژیم و شخص پهلوی دوم، پایه‌های قیام اسلامی در قم و زمینه‌های شکل‌گیری مبارزات را پی ریخت. شاگردان ایشان نیز هریک در سنگری به تبلیغ و روشنگری پرداختند و به دنبال تحکیم قیام و تثبیت مرجعیت و زعامت امام بودند.
1342 پس از حادثه‌ی یورش عوامل پهلوی به مدرسه‌ی فیضیه و با اوج‌گیری مبارزات طلاب و مردم متدین علیه رژیم، امام خمینی را دستگیر کردند و به تبعید فرستادند. پس از تبعید امام، شاگردان ایشان مبارزات را در قم و دیگر شهرها ادامه دادند. روش مبارزاتی امام سبب شده بود تا آقاسیدعلی -که تحت تأثیر شخصیت انقلابی شهید نواب صفوی نیز بود- به انجام وظیفه‌ی روشنگری در مبارزات بپردازد. لذا ساواک دو بار او را دستگیر کرد. در همین سال امام خمینی او را به عنوان نماینده‌ی خود و برای ابلاغ پیام درباره‌ی مبارزه با رژیم شاه، نزد آیتاللهالعظمی میلانی در مشهد فرستادند. همه‌ی این‌ها در کنار فضای گرم درس و بحث و مباحثات علمی بود.
1343 در این سال آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای که در مشهد ساکن بود، بینایی خود را از دست داد. این بدترین خبر برای آقاسیدعلی بود که می‌خواست در قم بماند. او با وجود اصرار اساتید خود بر ماندنش در قم و از جمله اصرار آیت‌الله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی –فرزند آیتاللهالعظمی حائری مؤسس–قصد عزیمت به مشهد مقدس کرد. در مدت تحصیل در قم، به غیر از امام خمینی و مرحوم آقای بروجردی، حضرات آیات شیخ مرتضی حائری در فقه و اصول و علامه سیدمحمدحسین طباطبایی در فلسفه، از دیگر اساتید آقاسیدعلی خامنه‌ای بودند. همچنین آقایان شیخ محمد حسین بهجتی شفق، حجت‌الاسلام محمدجواد حجتی کرمانی، حجت‌الاسلام سید جعفر شبیری زنجانی، آیت‌الله حاج شیخ مهدی باقری کنی و آیت‌الله ربانی املشی از هم‌مباحثه‌های نزدیک او به شمار می‌رفتند.
1344 پس از بازگشت به مشهد مقدس، پدر که از اساتید اصلی او در سال‌های طلبگی بود، دیگر نابینا شده و از نعمت مطالعه محروم بود و آقاسیدعلی چشمان پدرش شد! او هر روز و در زمانی مشخص، چند ساعت برای پدر کتاب می‌خواند و همان متون را با او مباحثه می‌کرد.
تدریس رسائل و مکاسب و کفایه، آغاز تدریس تفسیر قرآن کریم و حضور مجدد در درس خارج فقه آیتاللهالعظمی میلانی -علیرغم اختلاف سلیقه در مبارزات سیاسی- بخشی از فعالیت‌های علمی روحانی 26 ساله‌ی ساکن خیابان خسروی نو در مشهد مقدس بود.
1347-1357 مدرسه‌ی علمیه‌ی میرزا جعفر مشهد، شاهد جلسات تفسیر قرآن کریم بود که به‌سرعت مورد استقبال طلاب قرار گرفت. «تفسیرِ فعّال قرآن» که سیدعلی خامنه‌ای آن را تدریس می‌کرد، شیوه‌ی جدید و خاصی از تفسیر کلام‌الله مجید بود و طلاب را روزبه‌روز به بهره‌گیری از آموزه‌های قرآن ترغیب می‌کرد. این جلسات به دلیل استقبال زیاد و مباحث مبارزاتی مطرح‌شده در کنار تدریس رسائل و مکاسب و کفایه، با ممانعت‌های مکرر عوامل رژیم پهلوی مواجه شد. این اتفاق باعث شد تا این دروس از مسجد امام حسن مجتبی
علیه‌السلام به مسجد کرامت و پس از آن به مساجد رضایی، قبله و... منتقل شود. این جلسات که دیگر به محل حضور دانشجویان نیز تبدیل شده بود، به دلیل بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای بارها متوقف و دوباره برگزار می‌شد تا این‌که در سال 1356 به دلیل تبعید آیت‌الله خامنه‌ای به ایرانشهر، تعطیل شد.
ممنوع‌الخروج شدن از کشور به دلیل مبارزات انقلابی در مشهد، دستگیری‌های پیاپی و فعالیت‌های سیاسی باعث شد تا سیدعلی حسینی خامنه‌ای نتواند برای ارتباط‌گیری از نزدیک با امام خمینی به نجف اشرف برود، اما ماندن در مشهد و پرکردن خلأ فکری و ایدئولوژیک که پیش از این برای جریان مبارزه وجود داشت، موجب شد تا جلسات مستمر با شهید مرتضی مطهری پیگیری شود و محصول آن جلسات «تدوین ایدئولوژی اسلامی» باشد.
1369 تا امروز از سال 1369 شمسی، درس خارج فقه آیتاللهالعظمی خامنه‌ای آغاز شده و تا کنون ادامه دارد. جهاد، موسیقی، غیبت، قصاص و... از مباحثی است که تا کنون در درس خارج ایشان تدریس شده است. ب. مبارزات سیاسى آیت‌الله خامنه‌اى به گفته‌ی خودشان «از شاگردان فقهى، اصولى، سیاسى و انقلابى امام خمینى
قدّس‌سرّه» هستند و نخستین جرقه‌هاى سیاسى و مبارزاتى ایشان و دشمنى با طاغوت را مجاهد بزرگ و شهید راه اسلام شهید «سید مجتبى نواب صفوى» در ذهن ایشان زده است؛ هنگامی که نواب صفوى با عده‌اى از فداییان اسلام در سال 1331 به مشهد رفتند و در مدرسه‌ی سلیمان‌خان، سخنرانى پرهیجان و بیدارکننده‌اى در موضوع احیاى اسلام و حاکمیت احکام الهى و نیز فریب و نیرنگ شاه و انگلیس و دروغگویى آنان به ملت ایران، ایراد کردند.
«همان وقت جرقه‌هاى انگیزش انقلاب اسلامى به وسیله‌ی نواب صفوى در من به وجود آمده و هیچ شکى ندارم که اولین آتش را مرحوم نواب در دل ما روشن کرد.»
همراه با نهضت حضرت امام خمینى قدّس‌سرّه آیت‌الله خامنه‌اى از سال 1341 که در قم حضور داشتند و از زمانی که حرکت انقلابى و اعتراض‌آمیز امام خمینى علیه سیاست‌هاى ضد اسلامى و آمریکاپسند محمدرضا شاه پهلوى آغاز شد، وارد میدان مبارزات سیاسى شدند و شانزده سال تمام با وجود فراز و نشیب‌هاى فراوان و شکنجه‌ها و تعبیدها و زندان‌ها مبارزه کردند و در این مسیر از هیچ خطرى نترسیدند.
نخستین بار در محرم سال 1383 ه.ق از سوى امام خمینى
قدّس‌سرّه مأموریت یافتند که پیام ایشان را به آیتاللهالعظمی میلانى و علماى خراسان در خصوص چگونگى برنامه‌هاى تبلیغاتى روحانیون در ماه محرم و افشاگرى علیه سیاست‌هاى آمریکایى شاه و اوضاع ایران و حوادث قم برسانند. ایشان این مأموریت را انجام دادند و خود نیز براى تبلیغ، عازم شهر بیرجند شدند و در راستاى پیام امام خمینى، به تبلیغ و افشاگرى علیه رژیم پهلوى و آمریکا پرداختند. به این خاطر در 9 محرم «12 خرداد 1342» دستگیر و یک شب بازداشت شدند و فرداى آن با این شرط آزاد شدند که منبر نروند و تحت نظر باشند. با پیش آمدن حادثه‌ی خونین 15خرداد، باز هم ایشان را از بیرجند به مشهد آوردند، تحویل بازداشتگاه نظامى دادند و ده روز در آن‌جا با سخت‌ترین شرایط و شکنجه و آزارها زندانى شدند.
دومین بازداشت در بهمن 1342 -رمضان 1383 ه.ق- آیت‌الله خامنه‌اى با عده‌اى از دوستانشان بر اساس برنامه‌ی حساب‌شده‌اى به مقصد کرمان حرکت کردند. پس از دو سه روز توقف در کرمان و سخنرانى و منبر و دیدار با علما و طلاب آن شهر عازم زاهدان شدند. سخنرانى‌ها و افشاگرى‌هاى پرشور ایشان و به‌ویژه در ایام ششم بهمن -سالگرد انتخابات و رفراندوم رژیم شاه- مورد استقبال مردم قرار گرفت. در روز پانزدهم رمضان که مصادف با میلاد امام حسن
علیه‌السلام بود، صراحت و شجاعت و شور انقلابى ایشان در افشاگرى سیاست‌هاى شیطانى و آمریکایى رژیم پهلوى، به اوج رسید و ساواک شبانه ایشان را دستگیر و با هواپیما روانه‌ی تهران کرد. رهبر بزرگوار، حدود دو ماه در زندان قزل‌قلعه -به صورت انفرادى- زندانى شدند و انواع اهانت‌ها و شکنجه‌ها را تحمل کردند.
سومین و چهارمین بازداشت 
کلاس‌هاى تفسیر و حدیث و اندیشه‌ی اسلامى ایشان در مشهد و تهران با استقبال کم‌نظیر جوانان پرشور و انقلابى مواجه شد. همین فعالیت‌ها سبب عصبانیت ساواک شد و ایشان را مورد تعقیب قرار دادند. به این خاطر در سال 1345 در تهران مخفیانه زندگى مى‌کردند و یک سال بعد -1346- دستگیر و محبوس شدند. همین فعالیت‌هاى علمى و برگزارى جلسات و تدریس و روشنگرى عالمانه و مصلحانه بود که موجب شد آن بزرگوار بار دیگر توسط ساواک جهنمى پهلوى در سال 1349 نیز دستگیر و زندانى کردند.
پنجمین بازداشت حضرت آیت‌الله خامنه‌اى درباره‌ی پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک مى‌نویسد:
«از سال 48 زمینه‌ی حرکت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیت و شدت عمل دستگاه‌هاى جارى رژیم پیشین نیز نسبت به من -که به قرائن دریافته بودند چنین جریانى نمى‌تواند با افرادى از قبیل من در ارتباط نباشد- افزایش یافت. سال 50 مجدداً و براى پنجمین بار به زندان افتادم. برخوردهاى خشونت‌آمیز ساواک در زندان آشکارا نشان مى‌داد که دستگاه از پیوستن جریان‌هاى مبارزه مسلحانه به کانون‌هاى تفکر اسلامى به‌شدت بیمناک است و نمى‌تواند بپذیرد که فعالیت‌هاى فکرى و تبلیغاتى من در مشهد و تهران از آن جریان‌ها بیگانه و به کنار است. پس از آزادى، دایره‌ی درس‌هاى عمومى تفسیر و کلاس‌هاى مخفى ایدئولوژى و... گسترش بیشترى پیدا کرد.»
بازداشت ششم در بین سال‌هاى 1350 تا 1353 درس‌هاى تفسیر و ایدئولوژى آیت‌الله خامنه‌اى در سه مسجد «کرامت»، «امام حسن
علیه‌السلام» و «میرزا جعفر» مشهد مقدس تشکیل می‌شد و هزاران نفر از مردم مشتاق به‌ویژه جوانان آگاه و روشنفکر و طلاب انقلابى و معتقد را به این سه مرکز مى‌کشاند و با تفکرات اصیل اسلامى آشنا مى‌ساخت. درس نهج‌البلاغـه‌ی ایشان از شور و حال دیگـرى برخوردار بود و در جزوه‌هاى پلى‌کپى‌شده تحت عنوان: «پرتوى از نهج‌البلاغه» تکثیر و دست به دست مى‌گشت. طلاب جوان و انقلابى که درس حقیقت و مبارزه را از محضر ایشان مى‌آموختند، با عزیمت به شهرهاى دور و نزدیکِ ایران، افکار مردم را با آن حقایق نورانى آشنا و زمینه را براى انقلاب بزرگ اسلامى آماده مى‌ساختند.
این فعالیت‌ها موجب شد که در دى ماه 1353 ساواک بى‌رحمانه به خانه‌ی آیت‌الله خامنه‌اى در مشهد هجوم ببرد و ایشان را دستگیر و بسیارى از یادداشتها و نوشته‌های ایشان را ضبط کنند. این ششمین و سخت‌ترین بازداشت ایشان بود و تا پاییز 1354 در زندان کمیته‌ی مشترک تهران زندانی بودند. در این مدت در سلولى با سخت‌ترین شرایط نگهداشته شدند. سختى‌هایى که ایشان در این بازداشت تحمل کردند، به تعبیر خودشان «فقط براى آنان که آن شرایط را دیده‌اند» قابل فهم است.
پس از آزادى از زندان، به مشهد مقدس برگشتند. باز هم همان برنامه و تلاش‌هاى علمى و تحقیقى و انقلابى ادامه داشت. البته دیگر امکان تشکیل کلاس‌هاى سابق را به ایشان ندادند.
در تبعید 
رژیم پهلوى در اواخر سال 1356، آیت‌الله خامنه‌اى را مجدداً دستگیر و براى مدت سه سال به شهر ایرانشهر تبعید کرد. البته در اواسط سال 1357 و در پی اوج‌گیرى مبارزات مردم مسلمان و انقلابى ایران، ایشان از تبعیدگاه آزاد شدند و به مشهد مقدس بازگشتند و در صفوف مقدم مبارزات مردمى علیه رژیم پهلوى قرار گرفتند. پس از پانزده سال مبارزه‌ی مردانه و مجاهدت و مقاومت در راه خدا و تحمل آن‌همه سختى و تلخى، ثمره‌ی شیرین قیام و مقاومت و مبارزه؛ یعنى پیروزى انقلاب کبیر اسلامى ایران و سقوط خفّت‌بار حکومتِ سراسر ننگ و ظالمانه‌ی پهلوى و برقرارى حاکمیت اسلام در این سرزمین را دیدند.
در آستانه‌ی پیروزى 
در آستانه‌ی پیروزى انقلاب اسلامى و پیش از بازگشت امام خمینى از پاریس به تهران، «شوراى انقلاب اسلامى» با شرکت افراد و شخصیت‌هاى مبارزى همچون شهید مطهرى، شهید بهشتى، هاشمى رفسنجانى و ... در ایران تشکیل گردید. آیت‌الله خامنه‌اى نیز به فرمان امام بزرگوار به عضویت این شورا درآمدند. پیام امام توسط شهید مطهرى به ایشان ابلاغ گردید و با دریافت پیام رهبر کبیر انقلاب، از مشهد به تهران آمدند.
پس از پیروزى انقلاب اسلامی آیت‌الله خامنه‌اى پس از پیروزى انقلاب اسلامى نیز همچنان پرشور و پرتلاش به فعالیت‌هاى ارزشمند اسلامى و در جهت نزدیک‌تر شدن به اهداف انقلاب اسلامى پرداختند که همه در نوع خود و در زمان خود بى‌نظیر و بسیار مهم بودند که در این مختصر فقط به ذکر رئوس آنها مى‌پردازیم:
پایه‌گذارى «حزب جمهورى اسلامى» با همکارى و همفکرى علماى مبارز و هم‌رزم خود: شهید بهشتى، شهید باهنر، حجت‌الاسلام والمسلمین هاشمى رفسنجانى و... دراسفندماه 1357
معاونت وزارت دفاع در سال 1358
سرپرستى سپاه پاسداران انقلاب اسلامى در سال 1358
امام جمعه‌ی تهران، 1359
نمایندگی امام خمینی
قدّس‌سرّه در شوراى عالى دفاع، 1359
نمایندگی مردم تهران در مجلس شوراى اسلامى، 1358
حضور در جبهه‌هاى دفاع مقدس.
از سال 1359 و با شروع جنگ تحمیلى عراق علیه ایران و تجاوز ارتش متجاوز صدام به مرزهاى ایران. این حضور تا پایان جنگ در سال 1367 ادامه داشت. ترور نافرجام ایشان توسط منافقین در ششم تیرماه 1360 در مسجد ابوذر تهران.
دو دوره ریاست‌جمهورى اسلامی ایران با رأی قاطع ملت.
به دنبال شهادت محمدعلى رجایى دومین رئیس‌جمهور ایران، آیت‌الله خامنه‌اى در مهر ماه 1360 با کسب بیش از شانزده میلیون رأى مردمى و حکم تنفیذ امام خمینى قدّس‌سرّه به مقام ریاست‌جمهورى ایران اسلامى برگزیده شدند. همچنین از سال 1364 تا 1368 براى دومین بار به این مقام و مسئولیت انتخاب شدند. ریاست شوراى انقلاب فرهنگی، 1360
ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، 1366
ریاست شوراى بازنگرى قانون اساسى، 1368
ولی‌فقیه و رهبر انقلاب اسلامی ایران.
از روز چهاردهم خرداد سال 1368، پس از رحلت رهبر کبیر انقلاب امام خمینى (قدس سره) توسط مجلس خبرگان رهبرى به این مقام و مسئولیت عظیم انتخاب شدند.
